Godoy ante esta situación se embarca en una serie de reformas que afectan sobre todo al ejército y a la Iglesia ya que era consciente de que tarde o temprano el enfrentamiento con la Francia de Napoleón sería inevitable. También la poderosa nobleza española fue objeto de las reformas de Manuel Godoy, ya que tuvieron que pagar impuestos por la posesión de criados, de caballos, de mulas o de carruajes, amén de sobre la creación de nuevos mayorazgos, todo un ataque contra los fundamentos de la sociedad estamental. Por si fuera poco, Godoy había prohibido las corridas de toros en 1805. Dicho de otra manera, Godoy al que podemos considerar como el último de los gobernantes ilustrados o el primer gran protoliberal español se ganó a pulso el enojo de los privilegiados españoles y, al tiempo, de las clases populares. El favor real hacia Godoy había recibido un nuevo impulso en la llamada Guerra de las Naranjas contra Portugal en 1801, que fue victoriosa para las armas españolas. Así que con todos estos antecedentes, no es extraño que en el momento de la penetración de los imperiales en la Península Ibérica, Godoy estuviese casi totalmente aislado con el único apoyo de Carlos y María Luisa y de algunos cientos de favorecidos suyos.
Los enemigos que el Príncipe de la Paz tenía en la Corte eran algunos miembros de la nobleza tradicional que habían sido apartados del poder en un proceso que comienza casi con la misma llegada de los Borbones al trono español. La gran nobleza española fue siendo paulatinamente sustituida en la Corte por decenas de miembros de las pequeñas noblezas provinciales que sirvieron de soporte social a la administración de la Corona y a su proceso de reformas a lo largo del siglo XVIII. La dinastía Borbón los usó en parte para compensar el poder que la gran nobleza mantenía en los aledaños del trono. Algunos de los miembros de las noblezas provinciales, llegaron a escalar las máximas posiciones políticas, siendo el ejemplo más evidente y destacado de este proceso de sustitución de las elites cortesanas, Zenon de Somadevilla, el Marqués de la Ensenada durante el reinado de Fernando VI.
En la Corte, los enemigos de Godoy eran muchos. Destacando el conde de Montijo, el Duque del Infantado y Juan Escoiquiz, ex tutor del Príncipe de Asturias, el futuro Fernando VII. Éste era la figura que los descontentos con Godoy habían elegido para canalizar sus aspiraciones y su descontento. En realidad esta situación no era nada extraña, ya que en la España del Antiguo Régimen, el único lugar en que se jugaba la partida política era en la Corte. No hay que olvidar, para comprender parte del descontento que empezaba a prender en amplios sectores de la sociedad española finisecular, los efectos de la guerra de 1796 contra Inglaterra provocó serias dificultades en amplios sectores de la economía española. Para empezar, se interrumpieron las remesas americanas de oro y plata con lo que el erario público se resintió seriamente; se cortaron casi completamente las relaciones comerciales con las colonias y se redujeron al mínimo las importaciones de alimentos y materias primas para la naciente industria nacional.
En gran medida, esta situación va a jugar en contra de Godoy ya que una parte del descontento popular va a ser canalizada por sus enemigos en la corte de una manera similar a como los enemigos del marqués de Squilacce utilizaron a las masas en Madrid y en otros puntos cuando los motines de 1766 que acabaron con el cese del ministro de Carlos III y la expulsión de los jesuitas. Una nueva guerra con Gran Bretaña culminó con el hundimiento de la flota francoespañola en Trafalgar el 21 de octubre de 1805. La derrota naval puso en mayor peligro, si cabe, al imperio español de ultramar ya que los ingleses comenzaron a apoyar a los partidarios de la independencia. Godoy se va a ver obligado a colaborar con Napoleón en la ocupación de Portugal, tal y como se señaló más arriba. El Emperador pensaba respetar los acuerdos con España, pero no pudo lograr uno de sus principales objetivos en el país vecino: apresar a la familia real portuguesa. Cosa que no consiguió, después de que en una calamitosa travesía, algunos cientos de franceses llegaron a Lisboa el 30 de noviembre de 1807 en un pésimo estado sólo para enterarse de que el día anterior una flota angloportuguesa había zarpado hacia Brasil con toda la familia real, gran parte de la nobleza lusa, multitud de obras de arte, los archivos nacionales, el tesoro del país y la mitad del dinero circulante en Portugal.
Mientras tanto, en la Corte española proseguía el deterioro de la situación. Los partidarios del príncipe Fernando sugirieron una alianza con Napoleón vía matrimonio para garantizarse la sucesión al trono, muerto Carlos IV. Habían hecho correr el bulo de que Godoy pretendía convertirse en el heredero del monarca. Pero el conato de conspiración fue descubierto y, aunque Fernando fue perdonado por los reyes, sus partidarios -Infantado, Escoiquiz, Montijo y otros varios- fueron desterrados de la Corte. Este fue la primera intentona de Fernando conocida como la conspiración de El Escorial y tuvo lugar a finales del mes de octubre de 1807. A pesar de este desenlace, el desprestigio de Godoy fue en aumento, y lo peor es que Napoleón se convenció de que la alianza con España no era fiable y que la inestabilidad de la corte borbónica podía ser una fuente de problemas para sus intereses. Napoleón fue introduciendo hombres en España a partir de mediados de noviembre de 1807, si bien con objetivos portugueses, pero a primeros del año siguiente fueron ocupando posiciones en Navarra y Cataluña. Godoy pedía explicaciones de este comportamiento a Napoleón y le instaba a consumar el reparto de Portugal. Ante la falta de respuesta del Emperador francés, Godoy ordena la vuelta de las tropas que habían colaborado con los galos en la ocupación del país vecino.