La respuesta de Napoleón es acusar a España de mala fe y pide, a cambio de Portugal, la cesión de todos los territorios comprendidos entre los Pirineos y el río Ebro y la firma con Francia de una alianza permanente e ilimitada. Ante esta propuesta la familia real, de acuerdo con Godoy, hace preparativos para huir a América, imitando la estrategia de los Braganza portugues. Comenzaron por pasar a Aranjuez, mientras Godoy traslada a la Guardia Real al sur de Madrid y coloca tropas en la línea del Tajo para oponerse a un posible avance francés. Las fuerzas galas proseguían su penetración por España ocupando diversas plazas. Napoleón había ordenado a Murat que se acercase a Madrid y condujera a Godoy y a la Familia Real hacia Burgos y Bayona para reunirse con él.
Pero en la corte, la sola visión de una posible guerra trastocaba los planes de los partidarios de Fernando, ya que pensaban que un enfrentamiento con los imperiales significaría, simple y llanamente, la desaparición de los Borbones españoles. Ante esta posibilidad, la camarilla de Fernando decide provocar una asonada que le permitiera tomar la corona y presentarse a Napoleón como un monarca dispuesto a colaborar con Francia. Todo ello partiendo del convencimiento de que el emperador venía a España a deshacerse de Godoy, idea bastante equivocada, tan equivocada como la presunción que tenía Napoleón de que los españoles nadaban en oro y plata y de que los hombres españoles necesitaban un revulsivo reformista -léase el propio corso para echarse en brazos de la Francia revolucionaria y nutrir los ejércitos napoleónicos.
En esas fechas, en Aranjuez solamente estaba la Guardia Real, formada por hombres de origen aristocrático que no sentía ninguna simpatía por Godoy al que consideraban un advenedizo oportunista. La población de Aranjuez estaba, además, alarmada por los rumores acerca de la huída de la familia real. Por otro lado, esta psicosis de pánico popular estaba azuzada por los partidarios de Fernando. El 18 de marzo un pequeño enfrentamiento entre algunos miembros de la guardia personal de Manuel Godoy y guardias reales degeneró en desórdenes. Estos se extendieron a Madrid y a otras poblaciones, siendo Godoy el objeto casi único de las iras populares. Al día siguiente, Carlos IV fue informado por un jefe militar de que las tropas solamente obedecerían al príncipe Fernando. El rey, además, aceptó el arresto de Godoy que se había salvado por poco de morir linchado. El 19 de marzo, Carlos y María Luisa abdicaron a favor de su hijo primogénito.
El llamado “motín de Aranjuez” tiene una dimensión mucho más trascendente que el mero cambio de monarca. Es también la primera expresión de un hecho que se repetirá varias veces a lo largo de los siglos XIX y XX, la imposición de una unidad militar - en este caso, la Guardia Real - sobre el poder político. Fernando llegaría a Madrid en olor de multitudes el 24 de marzo e inmediatamente buscó el apoyo de Murat cuyas tropas habían ocupado ya algunos puntos de Madrid. Pero el respaldo del general francés al nuevo monarca no llegó nunca. Por si fuera poco, Carlos IV dio marcha atrás en su primera idea de abandono del trono y apeló al Emperador. Éste les convocó a Bayona para dirimir el enfrentamiento. En Bayona les convenció para que abdicaran ambos y le cedieran la corona. A cambio, recibieron importantes sumas de dinero y promesas de integridad territorial y religiosa de España. Fue, en suma, uno de los actos más vergonzosos de toda la historia de la monarquía española. Para Napoleón, la jugada había sido magnífica. Había encontrado un importante aliado contra Inglaterra y tenía otro trono en el que colocar algún miembro de su familia. Pronto, la realidad, le demostraría que estaba muy equivocado.